農產品質量內控管理系統主要供農業生產企業使用，實現企業農產品質量重點管控環節信息的智能化采集和自主核查。主要功能包括：
? 基礎信息維護：計量單位維護、檢測方法維護、違禁品目維護、標準品目管理、檢測項目維護等；
? 企業文檔管理：農資企業信息、農產品企業信息；
? 企業納入系統管理：審核注冊企業；
? 電子地圖：企業分布圖；
? 社會公示管理：信息發布；
? 系統管理：用戶管理、檢測單位，數據字段等。